Kasari jõgedesüsteem on vähem kui 4000 aasta vanune. Toitaineterikka pinnase tõttu kujunes välja lopsakas taimestik, mis hakkas kevadise suurvee ajal takistama vee väljavoolu lahte. Peajõgedest luhta valguv vesi hakkas otsima väljapääsu ning uuristas savipinnasesse rohkesti voolusänge. Selle tulemusena tekkis rohkete harujõgedega delta.
Tänapäevane jõgedevõrk kujunes välja pärast roostike tekkimist. Kasari jõe suudmes olevatele mitme meetri paksustele viljakatele setetele kasvas sedavõrd lopsakas roostik, et see hakkas takistama vee väljavoolu lahte. Mida lahe poole, seda enam Kasari harud ummistusid ning jõgedena need enam lahte ei jõudnudki. 1920.-1930. aastatel toimunud jõgede süvendamine ja kanalitesse suunamine kujundas jõgede kallastele kõrged vallid, kus tänapäevaks on kujunenud puistu. Jõgede kaldad on järsud. Veevool on Kasari kanalis kiire, mistõttu see kannab toitained rohkesti Matsalu siselahte. Kui jõed olid loomulikus sängis, siis toitained settisid luhale. Tänapäeval valgub suur osa veest Matsalu lahte läbi jõgede vahel olevate roostike.
Kasari jõe suudmeala süvendati 1930. aastatel sirgeks kanaliks.
Rahvusparki läbivad jõed on siinkandis väga olulised. Kevadel toovad endaga kaasa suurvee, mis ümbritsevad heinamaad üle ujutab. Lisaks veelindudele on see oluline mitmele kalaliigile. Väinamerest tulevad Matsalu jõgedesse kudema mageveekalad, näiteks särg ja säinas. Kõige olulisem on ülesvoolu pääsemine aga haugile, kes tuleb aprillis üleujutatud heinamaadele kudema. Kui need röövkalad madala veeseisu tõttu luhta ei pääse, võib kudemine üldse ära jääda.
Intervjuu Matsalu paadimehe Jüri Raudkiviga.
Siinsete jõgede kaldaid ääristab enamasti pilliroog ja võsa. Paadimatkal võib sageli näha kobraste langetatud puid. Koprad on peamised imetajad, kes siinsete jõgede ääres elavad. Jõekaldad on täis mudaseid radu, mida mööda koprad kaldal liiguvad. Pesa tarbeks uuristavad need loomad uru, mille sissekäik on vee all. Matsalu jõgede ääres kohtab ka võimsaid paari meetri kõrguseid kuhilpesi. Koprad on kohati jõgede kaldavallidesse uuristanud käigud ning kanalid, mis võimaldavad vee liikumist kanalist välja luhale või roostikku ja ümbritsevalt alalt kanalisse. Peale kobraste elutsevad poolveelistest imetajatest jõgede ääres mink ning saarmas. Jõgede ääres paiknevad metsloomade joomis- ja liikumiskohad. Siin liigub arvukalt rebaseid, kährikuid, metssigu ja põtru.