Matsalu linnurikkuse esmaavastajaks ning -kirjeldajaks võib pidada Tartu Ülikooli Zooloogiamuuseumi konservaatorit Valerian Russowit (1842‒1879), kes korraldas 1870. aastatel siia mitu loodusteaduslikku ekspeditsiooni.
Matsalu linnuriiki hakkas 1930. aastatel põhjalikumalt uurima Kirblas sündinud Eesti tuntumaid ornitolooge Eerik Kumari (Sits) (1912‒1984). Matsalu linnustiku järjepidev seire on jätkunud tänaseni ning praeguseks kõige põhjalikumalt uuritud elustikurühm.

Eerik Kumari enda poolt üleskasvatatud veetallaja pojaga 1934. aastal.

Matsalu linnurikkusest saab kõige paremini aimu kevadel ja sügisel, kui siinsetele lahtedele, luhale ning põldudele kogunevad sajad tuhanded rändlinnud. Erakordsel linnurohkusel on mitu põhjust. Matsalu paikneb vee- ja rannikulindude tähtsaima rändekoridoril – Ida-Atlandi rändeteel. Seetõttu lendab igal kevadel ning sügisel siitkandist läbi enam kui 2 miljonit vee- ja rannikulindu, kelle pesitsusalad paiknevad Skandinaavias või Loode-Venemaal. Rahvuspargis on kohatud rohkem kui 290 linnuliiki. 

Teiseks vajavad läbirändajad pikal teekonnal madalaveelisi merelahtesid, lagedaid rannaniite, üleujutatud luhtasid ning põlde – kõike seda, mida Matsalu rahvuspark pakub. Paljud rändlinnud peatuvad siin 2-3 nädalat, et toituda ning edasilendamiseks jõuvarusid koguda. Seetõttu on Matsalu Lääne-Eesti rannikul üks olulisemaid vee-ja rannikulindude peatuspaiku.
Lindude kevadränne saab alguse juba enne lahejää sulamist, kui alles lume alt sulavatele põldudele ilmuvad hane- ja luigeparved. Varakevadel on esimesed rändurid platsis juba veebruari lõpus, tavaliselt siiski märtsi keskpaigas. Kõige hoogsam läbiränne toimub märtsi lõpust mai keskpaigani. Aprillis‒mais peatub Matsalus kümneid tuhandeid valgepõsk-laglesid, kes mitme nädala vältel toituvad siinsetel rannaniitudel ja põldudel. Sügisrände ajal peatub siinsetes madalates lahesoppides lisaks hanedele, lagledele ja luikedele 15 000‒20 000 sookurge.

Sügisõhtutel koguneb Matsalu lahele ööbima kuni 20 000 sookurge.

Matsalu lahe lõunakaldal on kõige parem linnuvaatluskoht Keemu linnutorn ning selle lähiümbruses paiknevad rannaniidud ja põllud. Matsalu lahe põhjakaldal näeb kõige rohkem linde Haeskas ning Põgari-Sassi rannaniidul.
Lisaks läbirändavatele lindudele on Matsalu oluline pesitsuskoht mitmele üle-euroopaliselt ohustatud linnuliigile. Paljud kaitsealustest haudelindudest on seotud hooldatavate luhtade või rannaniitudega (niidurüdi, tutkas, mustsaba-vigle, rohunepp). Kuna mujal Euroopas on sellised elupaigad kinnikasvamise, intensiivse põllumajanduse või rannikute täisehitamise tõttu hävinud, on Matsalust saanud üks olulisemaid niidulindude pesitsuskohti Läänemere piirkonnas.

Niitude kõrval on teine oluline elupaik Kasari jõe deltas laiuv 2500 ha suurune roostik. Tähelepanuväärsematest liikidest pesitsevad roostikes hüüp (II kaitsekategooria), roo-loorkull (III kaitsekategooria), hallhani, täpikhuik (III kaitsekategooria), roo-ritsiklind, rästas- ja tiigi-roolind ning mitmed teised. Lisaks pesitsevatele lindudele on roostik suve keskel oluline punapea-vartide, tuttvartide ja hallhanede sulgimisala. Tihedas roostikus on sulgimise ajaks lennuvõime kaotanud lindudele piisavalt varjevõimalusi. Sügisel kasutavad roostikku puhkepaigana läbirändavad linnud. Väga linnurikkad on ka väljaspool Matsalu lahte, Väinameres asuvad väikesaared ning laiud. Suurtes kolooniates võib lindude asustustihedus olla 150, mõnel saarel koguni 300 paari hektari kohta. Linnud eelistavad laidudel pesitseda seetõttu, et pesi ohustavatel väikekiskjatel (rebane, kährik) on siia raske pääseda. Matsalu laidudel pesitsevad kajakad ja tiirud, kühmnokk-luik, mitmed uju- ja sukelpardid (sinikael-part, rääkspart, tuttvart, tõmmuvaeras, rohukoskel, hahk) ning kahlajad (liivatüll, merisk).

Naaskelnoka poeg - üks omapärasema välimusega pesitsejaid Matsalu väikesaartel. 

 

Intervjuu Matsalu kauaaegse sereitöötaja Eve Mäega.