Matsalu rahvuspargi maastikud on väga mitmekülgsed. Matsalut iseloomustavad lagedad rannaalad, kus inimene ja loodus on tasakaalukalt käsikäes toimetanud juba aastasadu. Tänu sellele võib siit leida tänaseks mujal Euroopas praktiliselt kadunud poollooduslikke kooslusi. Matsalus laiuvad Põhja-Euroopa suurim luhaala, Euroopa ulatuslikuimad rannaniidud ning Lääne-Eestile omased alvarid.